Osim što je javni TV servis BiH u direktnom prenosu pratio uvodna izlaganja tužilaštva Tribunala i Miloševiæa ovo suðenje otvorilo je i pitanje u kojoj æe se mjeri ono odraziti na meðunacionalne odnose u Bosni i Hercegovini, kao i na tužbu koju je BiH podnijela protiv SR Jugoslavije za agresiju.
Miroslav Mikeš, potpredsjednik Socijalitièke partije podsjetio je da je Narodna skupština Republike Srpske tužbu BiH protiv SR Jugoslavije prije dvije godine odbacila kako nelegitimnu, te da stoga suðenje Miloševiæu ne bi smjelo na bilo koji naèin dovoditi u veza s njom. Ipak samo suðenje aktueliziraæe niz otvorenih pitanja vezanih za karakter rata u BiH saglasan je Mikeš.
Suðenje Slobodanu Miloševiæu za koga i u Hagu, a i Bošnjaci i Hrvati misle da je glavni kreator teškog rata na ovim prostorima, sigurno da æe, kroz iznošenje dokaznih sredstava i davanjem iskaza odbrane , ponovo raspiriti strasti u BiH. To ne bi bilo dobro za BiH jer mi treba da gledamo unaprijed a ne da se stalno okreæemo u prošlost.
Portparol Saveza nezavisnih socijaldemokrata Rajko Vasiæ smatra da æe suðenje Miloševiæu dovesti do poveæanja nacionalne homogenizacije unutar srpskog korpusa u BiH, što æe se opet reflektovati na ponašanje Bošnjaka i Hrvata, pa time i na ponovno otvaranje pitanja legitimnosti same tužbe.
Takoðer æe se to odraziti na tužbu BiH protiv SR Jugoslavije. Poveæana doza nacionalizma kod Srba izaziva poveæani nacionalizam kod Bošnjaka što æe dovesti da æe se ta tužba smatrati nacionalnim interesom a ne više samo «državnog interesom BiH». Nažalost BiH živi u takvoj situaciji da i svjetsko prvenstvo u košarci ima uticaj na nacionalizam u BiH pa æe tako i proces Miloševiæu imati uticaj.
Znatno uzdržaniji u davanju bilo kakvih ocjena bio je predsjednik SDS-a Dragan Kaliniæ:
”Mi nemamo nikakav uticaj na odreðene stvari koje se tièu optužnice protiv Miloševiæa a vezano za rat na Kosovu, BiH i Hrvatskoj. Optužnica je u tom pogledu jasna i potrebno je da se sprovedu sve radnje koje su predviðene takvim procesima ukljuèujuæi i ova pitanja koja se tièu Bosne i Hercegovine.