Musaoui se pojavio pred federalnim sudom u Aleksandriji, u Virdžiniji, okružen strogim merama bezbednosti. Sam Mosaoui je odbio da se izjasni, rekavši sudu: ”U ime Alaha, nemam šta da izjavim. Ne izjašnjavam se nikako.“ Sudija Lioni Brinkema je rekla da ona to tumaèi tako da se Musaoui smatra nevinim po svih šest taèaka optužnice za zaveru. Sudija je zatim objavila da æe sudjenje Musaouiju poèeti 14. oktobra. Njegovi branioci su tražili da sudjenje poène kasnije, strahujuæi da je datum 14. oktobar isuviše blizu 11. septembra, prve godišnjice teroristièkih napada na Sjedinjene Države. Ali sudija Brinkema je izjavila kako smatra da æe do 14. oktobra publicitet o godišnjici veæ utihnuti.
Zakarijas Musaoui je prva osoba optužena u vezi sa septembarskim napadima. Optužnica od šest taèaka ga izmedju ostalog tereti za zaveru za ubistvo i zaveru za sprovodjenje medjunarodnog terorizma. Èetiri od šest taèaka predvidjaju moguænost smrtne kazne, ukoliko se dokaže krivica. Tužioci æe do 29. marta morati da odluèe da li æe tražiti smrtnu kaznu.
Zakarijas Musaoui je uhapšen sredinom avgusta, pošto je njegovo ponašanje izazvalo sumnje medju instruktorima jedne pilotske škole u Minesoti. Tamošnje funkcionere je zabrinulo njegovo ratoborno ponašanje i njegovo zanimanje da nauèi da upravlja avionom, ali ne i kako da uzleti ili sleti. Funkcioneri Federalnog istražnog biroa kažu da je Musaouijevo ponašanje tokom prošle godine bilo veoma slièno kao ponašanje nekih od 19 otmièara koji su izvršili teroristièke napade 11. septembra. U federalnoj optužnici protiv Musaouija se kaže da je on prošao obuku u logorima al-Kaide, u Avganistanu, i da je primio novac od jednog èoveka u Nemaèkoj, za koga se sumnja da je operativac al-Kaide koji je slao novac i drugima od 19 otmièara.
Musaouijeva majka je prošle nedelje izjavila kako joj je sin rekao da æe uspeti da dokaže svoju nevinost pred sudom. Njen advokat je rekao da je ona odbila da prisustvuje èitanju optužnice strahujuæi da bi njena pojava u sudnici mogla da uznemiri njenog sina.