Tokom četiri godine od terorističkih napada 11. septembra 2001. godine, hiljade ljudi su uhapšene na bojnim poljima i van njih.
Hapšenje, pritvaranje i ispitivanje osumnjičenih terorista i dalje je izazivalo kritiku i kontroverzu tokom 2005.godine. Oko 70 hiljada ljudi je pritvoreno u vezi sa ratom protiv terorizma. Čuli su se navodi da su američki vojnici i istražni funkcioneri loše tretirali pritvorenike, a neki pritvorenici, pušteni na slobodu, tvrde da su bili podvrgnuti torturi. U novinskim izveštajima pojavile su se tvrdnje da postoje ispostave navodnih tajnih zatvora Centralne obaveštajne agencije, i da su neki od njih navodno u zemljama bivšeg sovjetskog bloka. 2005. godina je bila godina kad se termin ”tajno prebacivanje“ učvrstio u engleskom jeziku sa novom definicijom da označava praksu hvatanja i prebacivanja pritvorenika u drugu zemlju radi ispitivanja. Krajem godine, američki državni sekretar Kondoliza Rajs je posetila Evropu, izmedju ostalog, da bi odgovarala na pitanja o tretmanu pritvorenika. Rajs je ponovila da Sjedinjene Države nisu angažovane niti da podržavaju torturu, ali je dodala da će američke vlasti učiniti sve što je dozvoljeno američkim zakonom u borbi protiv terorizma.
”Htela sam da istaknem da Sjedinjene Države poštuju vladavinu zakona, Sjedinjene Države poštuju ljudska prava - mi u stvari predvodimo u tome - a predsednik nikada, nikada ne bi odobrio torturu. Mi poštujemo američki zakon i medjunarodne obaveze koje je Vašington preuzeo na sebe. Takodje sam želela da kažem da smo, u tom kontekstu, spremni da preduzmemo sve što je zakonom dozvoljeno, da bismo sprečili još jedan teroristički napad.“
Evropske zemlje su izrazile zabrinutost da su funkcioneri Centralne obaveštajne agencije hapsili osumnjičene teroriste na njihovom tlu i tajno ih prebacivali radi ispitivanja. Italijanske vlasti su izrazile zgroženost zbog izveštaja da su tajni agenti CIE-e oteli jednog muslimanskog sveštenika na ulicama Milana 2003. godine. Medjutim, bivši oficir CIE-e Majkl Šeuer, koji je rukovodio takvim programom krajem 1990-tih, kaže da, koliko on zna, CIA nikada nije izvela otmicu te vrste bez odobrenja zemlje domaćina.
”Jedna od velikih grešaka je pretpostaviti da je bilo ko ikada otet u tom procesu. Koliko ja znam Centralna obaveštajna agencija nikada nije otela nikoga na stranom tlu bez dozvole vlade zemlje domaćina. Tokom perioda kad sam ja rukovodio takvim misijama, sve slične operacije - a uhapsili smo veliki broj visokih funkcionera Al Kaide - obavljene su u saradnji sa vladama u drugim zemljama sveta.“
Tretman zatvorenika je takodje goruće pitanje jer su se čule kritike o isledničkim tehnikama zlostavljanja, za koje neki kritičari kažu da su ravne torturi. Senator Džon MekKejn, bivši ratni zarobljenik u Severnom Vijetnamu, predložio je zakonski predlog kojim se postavljaju standardi za ispitivanje i tretman zatvorenika. Administracija predsednika Buša je prvobitno kritikovala taj predlog, iz straha da bi se njome ograničio opseg istražitelja, ali ga je kasnije podržala. Senator MekKejn je rekao da ta odluka šalje pravu poruku inostranstvu.
”Šaljemo svetu poruku da Sjedinjene Države nisu kao teroristi. Mi smo zemlja koja poštuje vrednosti i standarde ponašanja i istog tretmana za sve ljude bez obzira koliko su zli ili loši, i mislim da će to u ogromnoj meri pomoći pobedi u ratu protiv terorizma, u srcima i mislima ljudi širom sveta.“
Pa ipak, još nema jasne definicije o tome šta predstavlja torturu i debata se nastavlja. Judžin Fidel, advokat iz Vašingtona i specijalista za vojni zakon, kaže da još nisu jasna sva pitanja o tome šta predstavlja torturu i loš tretman i da ih tek treba rešiti.
”Zatvorski službenici su vekovima i u mnogim zemljama bili kreativni u maltretiranju ljudi pod njihovom kontrolom. Zbilja nije moguće imati precizne recepte o tome šta predstavlja torturu. Mi je često prepoznajemo kada smo njeni svedoci. To je uloga koju imaju sudovi - da nam kažu šta je prihvatljivo, a šta ne.“
Najveći broj zatvorenika koji su i dalje u američkom pritvoru nisu bili u prilici da se na američkim sudovima usprotive razlzima za njihovo hapšenje. Medjutim, protiv pritvorenika rodjenog u Sjedinjenim Državama, Hosea Padilje, podignuta je optužnica tek 22. novembra, pošto je pre toga tri godine držan u pritvoru. Vlada ga je optužila da je kovao zaveru za otrmice, ubistva i ranjavanja ljudi u inostranstvu. Nijedna tačka njegove optužnice se ne odnosi na terorističke zavere na tlu Sjedinjenih Država.