Predsednik Buš je brzo popunio mesto direktora Centralne obaveštajne, upražnjeno nakon ostavke Portera Gosa, imenovanjem generala Majkla Hejdena na taj položaj.
Porter Gos je podneo ostavku pošto je na čelu Centralne obaveštajne agencije proveo manje od dve godine, ne navodeći specifične razloge. Zvaničnici administracije su, medjutim, nastojali da otklone utisak da je Gos bio otpušten. Njegov mandat na čelu CIA-e je svakako bio buran. Nekoliko visokih zvaninika agencije je podnelo ostavke ili se penzionisalo posle sukoba sa Gosovim najbližim saradnicima, koji su većinom bili članovi osoblja odbora za obaveštajnu delatnost Predstavničkog doma, kojim je Gos ranije predsedavao. U intervjuu za Glas Amerike, bivši šef evropskih operacija CIA-e, Tajler Dramheler, naveo je da je postojao utisak da su Gosovi saradnici suviše agresivni i da su njihovi konflikti sa karijernim službenicima CIA-e doveli do toga da agencija izgubi neke od najiskusnijih ljudi.
«Mislim da su njegovi saradnici imali neka predubedjenja kada su došli u agenciju. Smatrali su da mnogi ljudi u agenciji nisu lojalni predsedniku. Mislim takodje da su tumačili neslaganje sa njihovim stavovima kao nedostatak lojalnosti. To je dovelo do tenzija i jedna grupa ljudi je otišla.»
Gos je bio na čelu CIA-e u doba promena, uključujući promene u vezi sa njegovim položajem. Formalno, naziv njegovog položaja je bio - «direktor centralne obaveštajne aktivnosti», što ga je na neki način činilo formalnim šefom svih obaveštajnih agencija. Medjutim, u cilju bolje koordinacije rada 16 obaveštajnih agencija, Kongres je 2004. usvojio zakon o reformi obaveštajnih službi kojim je uveden i položaj nacionalnog direktora svih obaveštajnih agencija. Neki analitičari smatraju da je Gos bio razočaran što nije dobio taj položaj, na koji je postavljen Džon Negroponte. Analitičari takodje smatraju da će u sedištu CIA-e verovatno biti nekih početnih sumnji prema generalu Hejdenu. U skladu sa civilnim karakterom agencije, dosadašnji direktori CIA-e nisu bili vojna lica. Pored toga, karijera generala Hejdena uglavnom nije bila usredsredjena na tajne operacije, što je glavni posao CIA-e.
«Bilo bi bolje da vojno lice ne bude na čelu - ako želite da definišete ono što bi civilna obaveštajna služba trebalo da bude. Pored toga, iskustvo Hejdena je uglavnom u oblasti elektronskog prikupljanja obaveštajnih informacija. Medjutim, on je dobar menadžer - mislim da je bolji nego što je Gos bio. Biće bolje organizovan, mada ne znam kako će se to odraziti na operativnost CIA-e.»
Nacionalni direktor, Džon Negroponte, branio je izbor Hejdena ukazujući da njegovo iskustvo nije isključivo koncentrisano u tehničkm aspektima obaveštajne delatnosti. U mogućem pokušaju da ublaži strahovanja medju službenicima CIA-e, Negroponte je rekao da administracija pokušava da privoli bivšeg zamenika direktora CIA-e za operacije, Stivena Kapesa, da se vrati iz penzije i bude zamenik generala Hejdena.
«Njegove sposobnosti, uz iskustvo generala Hejdena, predstavljale bi dobru kombinaciju za rukovodeći tim CIA-e.»
Kapes je kao dugogodišnji službenik CIA-e bio na čelu tajnih operacija agencije i vodio je pregovore sa Libijom koji su doveli do odustajanja režima u Tripoliju od oružja za masovno uništenje. Kapes i njegov zamenik podneli su ostavke u novembru 2004. posle navodnih sukoba sa Porterom Gosom i njegovim saradnicima.