Izraelskom vojnom istragom utvrdjeno je da su izraelske oružane snage počinile ozbiljne greške kad su se pripremale za napad na humanitarni brod, koji je u maju plovio ka Gazi, koji se završio sa ljudskim žrtvama. Medjutim, u istroj istrazi se navodi da je opravdano to što su komandosi koristili bojevu municiju.
Devetoro pro-palestinskih aktivista ubijeno je kada su izraelski komandosi presreli flotilu brodova koja je nastojala da probije izraelsku blokadu te palestinske teritorije.
Izraelskom unutrašnjom vojnom istragom takođe je utvrdjeno da je bilo profesionalnih i operativnih grešaka na prilično visokom nivou komande, prilikom prikupljanja obaveštanjni podataka i u procesu donošenja odluka – ali da nije bilo nehata.
Takođe je utvrdjeno da se vojska nije adekvanto pripremila za mogućnost da vojnici naidju na nasilni otpor tokom te operacije.
Izrael navodi da su izraelski komandosi delovali u samoodbrani kada su otvorili vatru na putnike broda koji je prevozio humanitarnu pomoć, koji su ih, kako komandosi tvrde, napali kada su se iz helikoptera spustili na jedan turski brod.