Žive ćelije prilično je teško posmatrati pod klasičnim mikroskopom jer jednostavno ne odbijaju dovoljno svetla. Zbog toga moraju da se boje specijalnim bojama, koje ih, naravno, uništavaju.
Istraživači na prestižnom američkom univerzitetu Masačusetski institut za tehnologiju, poznatom po skraćenici Em-aj-ti, konstruisali su mikroskop koji može da snima trodimenzionalne video snimke živih ćelija. Mikroskop radi na principu refrakcije. Brzina svetla koje prolazi kroz neku supstancu menja se u zavisnosti od njenog sastava. Svetlo koje prolazi kroz delove ćelije upoređuje se sa svetlošću koje ne prolazi kroz nju i tako se dobija dvodimenzionalna slika. Tokom jednog desetog dela sekunde mikroskop snimi stotinu takvih dvodimenzionalnih snimaka, svaki iz drugog ugla, od kojih kompjuter sastavlja trodimenzionalnu sliku. Slična tehnika, nazvana kompjuterska tomografija, upotrebljava se u skenerima za mozak i druge organe.
U tom aparatu, deo tela koji se snima postavlja se između izvora iks zraka i senzora osetljivog na te zrake. Čitav sklop lagano se okreće oko pomenutog dela, snimajući ga iz više uglova, dok kompjuter na osnovu toga sintetizuje prilično detaljnu sliku. Istraživači kažu da će jedna od velikih prednosti ovog novog mikroskopa biti mogućnost posmatranja ponašanja ćelije kada se u nju ubrizga neki lek. Za sada, istraživači su uspeli da naprave trodimenzionalni snimak ćelije raka grlića materice na kome se vidi unutrašnja struktura, kao i snimak jednog mikroskopski sitnog crva.